甲公司为高新技术企业，自然人股东张某以其个人持有的专利权作价1亿元（不含增值税）（假设原值100万元且原值可以提供相关扣除的资料）向甲公司增资，已完成评估、过户及实收资本变更登记。就该股东专利权投资涉及主要税种问题如下：
1.增值税：张某转让专利权是否需缴纳增值税？
2.企业所得税：甲公司接受专利权投资如何确认计税基础？
3.个人所得税：张某以专利权出资是否需缴纳个税？如何计算？
税务分析及处理
（一）增值税处理
政策依据：
《增值税暂行条例》第一条：在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务，销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
财税〔2016〕36号附件3：自然人转让技术免征增值税的，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管税务机关备查。。
分析：
张某以专利权出资属于“转让无形资产”行为，但根据财税〔2016〕36号，自然人转让技术免征增值税的，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管税务机关备查。若该专利权属于“技术”（需符合科技部门认定），则张某无需缴纳增值税；否则需按1%税率申报缴纳增值税（含附加税费）。
结论：
若专利权为技术（还需符合财税〔2016〕36号相关规定），张某免征增值税；
若不属于技术，需补缴增值税及附加：
增值税 = 1亿元x1% = 100万元
附加税费（如城建税、教育费附加等，假设12%） = 100万元x12% = 12万元
（二）企业所得税处理
政策依据：
《企业所得税法实施条例》第五十八条：通过投资取得非货币性资产，计税基础按评估价值确定。
分析：
甲公司接受专利权投资计税基础确认：按1亿元作为专利权计税基础，假设未来摊销可税前扣除。
后续摊销争议：
接受投资方按评估价1亿元摊销，若被税务机关认定虚高，可能要求按原值100万元调整，存在税前扣除纳税调整增加的风险，涉及企业所得税1485万元（差额9900万×15%=1485万）。
（三）个人所得税处理
政策依据：
《个人所得税法》第二条：财产转让所得需缴纳个人所得税。
财税〔2015〕41号：个人非货币性资产投资，按“财产转让所得”计税，纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。。
财税〔2016〕101号：个人以技术成果投资入股，选择技术成果投资入股递延纳税政策的，经向主管税务机关备案，投资入股当期可暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税。
分析：
张某以专利权出资属于非货币性资产投资，需按“财产转让所得”缴纳个人所得税：
1.应纳税所得额：
= 评估价1亿元 - 原值及合理费用100万元= 9900万元
2. 税款计算（税率20%）：
个人所得税 = 9900万元 x20% = 1980万元
优惠政策适用：
递延纳税：若专利权为技术成果，张某可选择适用财税〔2016〕101号文，递延至转让甲公司股权时缴税。
分期缴纳：若不符合上述递延纳税条件，可申请分5年缴纳（需备案）。
结论：
若未适用优惠政策，张某需缴纳个人所得税1980万元；
若符合财税〔2015〕41号文分期缴纳条件，可申请分5年内缴纳；
若符合财税〔2016〕101 号文递延纳税条件，可暂不缴税，待股权转让时缴纳。
争议焦点及风险提示
1.技术成果认定争议：
若税务机关不认可专利权为“技术成果”，张某需补缴增值税及附加112万元。
2.评估价公允性争议：
若评估价1亿元被认定为虚高，税务机关可能调整计税基础，导致补税风险。
3.递延纳税合规风险：
若选择递延纳税但未满足条件（如未备案），可能面临滞纳金及罚款。
合规建议
1.增值税：
补充技术成果证明材料（如专利证书、科技部门鉴定），申请免税备案。
2.企业所得税：
确认评估报告的公允性，留存评估机构资质文件备查。
3.个人所得税：
若符合条件，立即向税务机关提交递延纳税备案，降低当期税负。
案例启示
1.非货币性资产投资需提前规划：
优先选择符合条件的技术成果出资，利用免税及递延政策降低税负。
2.评估与资料完备性：
确保评估价公允，并留存完整的技术成果证明文件。
3.税务备案及时性：
递延纳税、分期缴纳等优惠政策需在投资完成后及时备案，避免丧失资格。
